Perl 6 示例读取 DNA 序列并写入其反向互补序列
作者：Daniel Carrera
基于 Perl 5 的提交。
http://benchmarksgame.alioth.debian.org/u32/performance.php?test=revcomp
用法：perl6 revcomp.p6 revcomp.input
预期输出
>ONE Homo sapiens alu CGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAAC CTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACA GGCGCGCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCAT GTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAA AGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTC TGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGG GTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCGCGCCACC ACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTG GTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTA CAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCT GGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTC TCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCGCGCCACCACGCCCGGCTAAT TTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCT GACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCA CCGCGCCCGGCCTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGC GCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCC 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GAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGC GTGAGCCACCGCGCCCGGCC >TWO IUB ambiguity codes TAGGDHACHATCRGTRGVTGAGWTATGYTGCTGTCABACDWVTRTAAGAVVAGATTTNDA GASMTCTGCATBYTTCAAKTTACMTATTACTTCATARGGYACMRTGTTTTYTATACVAAT TTCTAKGDACKADACTATATNTANTCGTTCACGBCGYSCBHTANGGTGATCGTAAAGTAA CTATBAAAAGATSTGWATBCSGAKHTTABBAACGTSYCATGCAAVATKTSKTASCGGAAT WVATTTNTCCTTCTTCTTDDAGTGGTTGGATACVGTTAYMTMTBTACTTTHAGCTAGBAA AAGAGKAAGTTRATWATCAGATTMDDTTTAAAVAAATATTKTCYTAAATTVCNKTTRACG ADTATATTTATGATSADSCAATAWAGCGRTAGTGTAAGTGACVGRADYGTGCTACHVSDT CTVCARCSYTTAATATARAAAATTTAATTTACDAATTGBACAGTAYAABATBTGCAGBVG TGATGGDCAAAATBNMSTTABKATTGGSTCCTAGBTTACTTGTTTAGTTTATHCGATSTA AAGTCGAKAAASTGTTTTAWAKCAGATATACTTTTMTTTTGBATAGAGGAGCMATGATRA AAGGNCAYDCCDDGAAAGTHGBTAATCKYTBTACBGTBCTTTTTGDTAASSWTAAWAARA TTGGCTAAGWGRADTYACATAGCTCBTAGATAWAGCAATNGTATMATGTTKMMAGTAWTC CCNTSGAAWATWCAAAAMACTGAADNTYGATNAATCCGAYWNCTAACGTTAGAGDTTTTC ATCTGGKRTAVGAABVCTGWGBTCTDVGKATTBTCTAAGGVADAAAVWTCTAGGGGAGGG TTAGAACAATTAAHTAATNAAATGCATKATCTAAYRTDTCAGSAYTTYHGATRTTWAVTA BGNTCDACAGBCCRCAGWCRTCABTGMMAWGMCTCAACCGATRTGBCAVAATCGTDWDAA CAYAWAATWCTGGTAHCCCTAAGATAACSCTTAGTGSAACAWTBGTCDTTDGACWDBAAC HTTTNGSKTYYAAYGGATNTGATTTAARTTAMBAATCTAAGTBTCATYTAACTTADTGTT TCGATACGAAHGGCYATATACCWDTKYATDCSHTDTCAAAATGTGBACTGSCCVGATGTA TCMMAGCCTTDAAABAATGAAGAGTAACTHATMGVTTAATAACCCGGTTVSANTGCAATT GTGAGATTTAMGTTTAMAAYGCTGACAYAAAAAGGCACAMYTAAGVGGCTGGAABVTACG GATTSTYGTBVAKTATWACCGTGTKAGTDTGTATGTTTAAAGGAAAAAGTAACATARAAA GGTYCAMNYAAABTATAGNTSATANAGTCATCCTATWADKAACTRGTMSACDGTATSAYT AAHSHGTAABYGACTYTATADTGSTATAGAGAAATCGNTAAAGGAAATCAGTTGTNCYMV TNACDRTATBNATATASTAGAAMSCGGGANRCKKMCAAACATTNAGTCTRMAATBMTACC CGTACTTCTBGDSYAATWGAAAATGACADDCHAKAAAYATATTKTTTTCACANACWAGAA AKATCCTTATTAYKHKCTAAACARTATTTTDATBTVWCYGCAATACTAGGKAAASTTDGA MGGCHTTHAATVCAHDRYAGGRCTATACGTCMAGAGAGCTBTHGNACARTCCBDCTAAGA GCGGCTTTARTAAAGAATCCNAGTAWBTGACTTGAATTACWTVACAGAAABCAATNAAAC CGTNTRANTTGAYCMAWBADTANABRGGTKTHTWTAGTTVCTMBKTAGMTVKCCAGCANT 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TCTGRTGTCAWGATRVAAKTCGCAAVCGASWGGTTRTCSAMCCTAACASGWKKAWDAATG ACRCBACTATGTGTCTTCAAAHGSCTATATTTCGTVWAGAAGTAYCKGARAKSGKAGTAN TTTCYACATWATGTCTAAAADMDTWCAATSTKDACAMAADADBSAAATAGGCTHAHAGTA CGACVGAATTATAAAGAHCCVAYHGHTTTACATSTTTATGNCCMTAGCATATGATAVAAG >THREE Homo sapiens frequency ATATTTATCTTTTCACTTCCTACATTGGTCAGACCATTATTCGACACGTGGCGTCATTTT GTCATACCGGGTAATGTTGGAAACAAAACGTACTGATAAAATACTGAGTTGTAAACTCTA ATCAGATAACGCGCTTGGATATTAAGATTCACACAGGGGTTTCGGCTGTAAAAAAACTTG TGGAGCTGTTCTGGGACAGATAAGTTGTACCTCGTACTTAGCTAATTAATGAACCAACTG ATTACGATAGAACAATTCTGAGGCCGCCAGGACAGCCAAATTTTAATCTTATAAAGCTGG AAACAGCCGGTATTAGCTTCTCGCATACTTTGCCTGCATTGGTACCTTACAGATATCAGC GTAGTCATATACACCTCGGTCTCAGCTAAGCTTGTATCTCTTAGAGTAGTTCAAAGATAG TGGACAATACCTGTGGAATCGATTGCAGATATGGATTTATTTAACTACTGAGTCTCATTC ACAAGCTAAGCAAGGAGCACGTTTTGGTGCCGGCATACCGATTTGCTATCATGTCAGCAA ATTTGCGTTGTATTCCTAGTTGCACCCATTAAGGCCACACTCCGAACCTAATTATTACAT CGCAAAGACATGTACGAAGGACCCGATGTCGAATAGAAGGGAGGACTGTTCATTGGAAGC TAGACCAGAGGAATCGCAAAGATGCAACTCTTACAATAAAAATCTAATTTCAGTCAACAC GCAATTTCTATAAGGTTTCCGATAATAATGAACCGTCTTCCACAGGGGAATTTGCCATGC TCGTAAAAGTAGTTAATCCAAGTAGAAGAAATTTTGATAATGTTTTAAGTTGGCACGAAG GAATTCAGAGAGATCTTACCTAACAAAGGCATTAGTAGATGTTCCTTGGTTCACACTCGG TCAATCAGAGCACATACTACGGGCGATACCGGGAATGACACAACATCAATGAGATTGTTA AGTGAGGTAATTGACTTTAGAGGACTCGATCAGTATACTGTCACTATGAACATCGTATTA ATTGTTATCCGATATATACACCACCGATTTGCTTGTGCAAGGTTACAGACCCATTCGATA AATACAAACACGGAGCGATATTATTTAAGGAGTGCTGTCTTCAAAAGAATTATTCCCACA CCGACATAAGAACTTCGCTCCGTCATTCCAGATTTAAATAACATAACGTAACGCTTTGCT GATAACATAACATAACCGAGAATTTGCTTAGGAAATTTGGAGCAATATTGCATTGTTTCT CAGTCATCACAAGGCCCGCCAAAGAACTCTGAGAATCAGGATTCAACATGATTGGTAAGA CTCTATATATATAACTTAATTCTTGTGTCCGGAGATAGAAAGAGGACGAGAGATACTACG AAAGAAAGTGTACTTCGATGTATCAATTCAGACGCCTTCTCTATCATCAACATTATAGGT CTCGTATATGCTCGGCGCGATCTGCTTCTCTCCGCCAATAGCCCCATAGTGTATTTCAAG CGCAGTAACAGTGAAATCGTTACGAAGGTAGGGATGTTGCTTATAATTGTCGTAACTTAT CGCTTATGTATCTTTCAAGAATGAACGGCAGCATATACATACGTTCTACCTTTAGCTACA AAGCATCCATATACTCCCTCTCATGATTGAAACTCTTCCCTATTTTGTAGCCAATAGTGA AAGCGTATTAGTATAAATTCGTCGGTTTTTCACTCGCAACTGTTATACTCTGCAAACAAA CGAAAGCCTCATAGTACAAACCTAAAGCTACATACTTCATCATTGGCAGACCAGTGGCGG TATTTCTACGGAAGCATCACTATAGATATAAAGTTTCCCTTCATGTACGTCTGTTAACCA TATCACAAGAAACTGCTATCTCTGTCACGTAACAATTCACGCGCCTTATCGCCAAATGTT CATATATGCGCGGTATACGTATGAACGAATACTAATTAGTATAACGGAGGATTCACGGGA GGGATACTTGGGGCATTTATAAATCGTCTAAAAATTTTCTATCAGCACTTGCGGGTTATA GTGGATTACTAGGCAACATAATATTCTGTATTGGTCCAAATGACGCTATAGATAAATTAG CAAAATACATTGTTTCCATTTATGTAAGTCGAAACTCCAGGACTCCCGGGAACCAGTTAA ACCGTCTGGAAAAGACACATTGTGAGCGGGACTTCAATGATAGCTTTCAATGAGCTTCTC ATGCTTGGGGTCTGTACATATATGTTGGCGAAATTATCGTCTGTATTCTGTTATGCTTTG ATCATGGGTTATTAGTATAGTGTCCGGTTAAGTACCAATACCGCTAGAGACCCGACCTAA GTCGATAACTAACGATCATCGACGTAAGGATCGTCTCGATCAGTACTTCAGTCTAGATCT GGGAATAGTAACTCGTTAGTGAACTATGTCGTGTCATAACTCTAAAATGCAATCAAATCT TATTATTGAGTATTGATTATATAAAGCATCCGCTTAGCTTTACCCTCAAATGTTATATGC AATTTAAAGCGCTTGATATCGTCTACTCAAGTTCAGGTTTCACATGGCCGCAACGTGACG TTATTAGAGGTGGGTCATCATCTCTGAGGCTAGTGATGTTGAATACTCATTGAATGGGAA GTGGAATACCATGCTCGTAGGTAACAGCATGACCTATAAAATATACTATGGGTGTGTGGT AGATCAATATTGTTCAAGCATATCGTAACAATAACGGCTGAAATGTTACTGACATGAAAG AGGGAGTCCAAACCATTCTAACAGCTGATCAAGTCGTCTAAAAACGCCTGGTTCAGCCTT AAGAGTTATAAGCCAGACAAATTGTATCAATAGAGAATCCGTAAATTCCTCGGCCAACCT CTTGCAAAGACATCACTATCAATATACTACCGTGATCTTAATTAGTGAACTTATATAAAT ATCTACAACCAGATTCAACGGAAAAGCTTTAGTGGATTAGAAATTGCCAAGAATCACATT CATGTGGGTTCGAATGCTTTAGTAATACCATTTCGCCGAGTAGTCACTTCGCTGAACTGT CGTAAATTGCTATGACATAATCGAAAAGGATTGTCAAGAGTCGATTACTGCGGACTAATA ATCCCCACGGGGGTGGTCTCATGTCTCCCCAGGCGAGTGGGGACGGTTGATAAACACGCT GCATCGCGGACTGATGTTCCCAGTATTACATAGTCACATTGGATTGCGAGTAGTCTACCT ATTTATGAGCGAGAGATGCCTCTAACTACTTCGACTTTTAAAACCTTTCCACGCCAGTAT TCGGCGAAAGGGAAGTATTAAGGGTTGTCATAATTAAGCTGATACCACTTCAGACTTTGC TCTACTTCTGTCTTTCATTGGTTTAGTAAAGTCTGTCCATTCGTCGAGACCGTCTTTTGC AGCCTCATTCTACCAACTGCTCCGACTCTTAGTCTGCTTCTCCCAGCGTTATAACAAGAG GCATTTTGTCATCCTTAAAACAATAATAAAGAACTCGGAGCACTGATATAATGACTGAAT TAGAACCGCTTAAAAATACAACGAATAGATAAGACTATCGGATAAGATCTAATATGTAGT GATTAAGCCCTTTATTAATTAATAATAGTTACCCTTTCTGATGTAACGCGACATATTACG ATTTAGTGGCACGTCTGAATTGCAAAGCAGATCTCTACCCGATTTTTATTATAAATCCCG TATACATCTTGACTTGAGTAATTGTTCATCTTTTTATATCTCTTCGTACTACAAATAATT AATATCTCAACCCGTATTGTGTGATTCTAATTACCAACAGAATACGAGGAGGTTTTTGCT TAGGGCCATATATAATGAATCTATCTCGTTTATTCGCGGAACCCGAGATAACATTACGAT GTAACTATTTTAGAGAACTTAATACAAGAAACATTGCTGATTACTCATAACTAAATGCTT GGTAATATATCCTCAGTGCCCCTACCATCTTTTACGCAGGGATGTAATTACTTAGGATTC ATTGTGTAAGAATTACAATGAACGATGGATATGAAGGCATGTTGCGAGGTGTTCCTTGGT ATGTGAAGTTCGCAGGGCAACAAAAATTTCGCAGAATAGGCCTCAAAGTATTGGTAAAGA AGACAACTAATCATCACGAGCTTCTGATATCAATACGAACGAGTCCTGTGATGGATGAAA GAAAGTCGTATCGAAAATGTCAAGAGTCTGCCCAATGTAACTTACTTCAAAAAATAACGC TTCCGCCAAGTACGTTCGAATAAACGTAATTTTAAAAATACATAAGGGGTGTTAGAAAGT AAGCGACGGGATATAAGTTAGACTCAAGATTCCGCCGTAAAACGAGACTGATTCCGAAGA TTGTTCGTGGATCTGGTCATGACTTTCACTGAGTAAGGAGTTTCGACATATGTCAATAAA CACAAAAATAGAAGCTATTCGATCTGAAAAATATTAGGACAAGAAACTATCTCACGCTAG CCCAGAATATTCACTCACCCACGGGCGATACTAAAGCACTATATAGTCGCGTGATTACTA TACATATGGTACACATAAGAATCACGATCAGGTTCTCAATTTTCAACAATATATGTTTAT TTGCATAGGTAATATTAGGCCTTTAAGAGAAGGATGGGTGAGATACTCCGGGGATGGCGG CAATAAAGAAAAACACGATATGAGTAATAGGATCCTAATATCTTGGCGAGAGACTTAAGG TACGAATTTTGCGCAATCTATTTTTTACTTGGCCAGAATTCATGTATGGTATAAGTACGA ACTTTTTTGATCACTTTCATGGCTACCTGATTAGGATAGTTTGAGGAATTTCCCAAATAT ACCGATTTAATATACACTAGGGCTTGTCACTTTGAGTCAGAAAAAGAATATAATTACTTA GGGTAATGCTGCATACATATTCTTATATTGCAAAGGTTCTCTGGGTAATCTTGAGCCTTC ACGATACCTGGTGAAGTGTT
源代码：revcomp.p6
use v6;
sub MAIN($input-file = $*SPEC.catdir($*PROGRAM-NAME.IO.dirname, "revcomp.input")) {
my ($desc,$seq) = ('','');
my $input = open $input-file;
while $input.get -> $line {
if $line.match(/^ \>/) {
print_revcomp();
$desc = $line;
$seq = '';
}
else {
$seq ~= $line;
}
}
print_revcomp();
sub print_revcomp() {
return if not $desc;
say $desc;
$seq = $seq.flip.trans('wsatugcyrkmbdhvnATUGCYRKMBDHVN' => 'WSTAACGRYMKVHDBNTAACGRYMKVHDBN');
for ^($seq.chars/60) -> $i {
say $seq.substr($i*60,60);
}
}
}